سید محمد خاتمی در سال 1348 بعد از اخذ درجه لیسانس برای طی دوره خدمت وظیفه به تهران اعزام شد و به عنوان افسر وظیفه (ستوان دوم) دوره خدمت را گذراند. 

در همین دوره بود که در آزمون کارشناسی ارشد (فوق لیسانس) دانشگاه تهران شرکت کرد و پذیرفته شد.

 

تحصیل در این مقطع را همزمان با خدمت وظیفه آغاز کرد و در موقعیتی قرار گرفت که باز هم پیشنهاد بورس تحصیلی و امکان ادامه تحصیل در دوره دکترا در آمریکا وجود داشت، ولی ترجیح داد که تحصیلات جدید در این مرحله را رها و برای تکمیل تحصیلات حوزوی خود به قم مراجعه کند.

به ترتیب علی حائریان اردکانی - سید محمد خاتمی - علی حائری اردکانی در سال 1348 - دوره آموزشی - تهران.